Desenvolvimento de um modelo computacional aplicado à família das serino endopeptidases

Abstract

O processo de pesquisa e desenvolvimento de fármacos é complexo, longo e de alto custo. A descoberta de novos medicamentos tem suas raízes profundamente ligadas às inovações científicas e tecnológicas. Neste contexto, o desenvolvimento da computação, visto nos últimos anos, tem tido um papel de grande relevância. Os testes in silico constituem uma importante etapa a partir da identificação do problema alvo, pois permitem uma abordagem racional no processo de desenvolvimento de fármacos e, portanto, uma redução no tempo e custo envolvidos . Nesse sentido, o presente trabalho pretende propor um modelo computacional capaz de estimar a interação existente entre proteína - ligante, que leve em consideração aspectos dinâmicos deste sistema. Para tal, foi alvo de estudo uma família de proteínas em especial: as serino endopeptidases. Com a finalidade de avaliar os aspectos de caráter dinâmico responsáveis predominantemente pela estabilidade da interação do complexo biológico, foram realizadas simulações de dinâmica molecular, partindo de informações estruturais cristalográficas disponíveis em bancos de dados. A partir destas simulações será proposto um modelo matemático capaz de estimar a afinidade do ligante pela proteína, usando uma função score empírica, que terá inicialmente a forma polinomial, onde cada termo do polinômio será formado por termos que caracterizam a interação intermolecular entre o ligante e a proteína. Os coeficientes associados aos termos para a função de interesse serão determinados através de métodos de regressão linear multivariável.