Variantes de preocupação do SARS-CoV-2 : identificação presuntiva por sequenciamento de Sanger da região do domínio de ligação ao receptor do gene S para vigilância genômica viral no Hospital de Clínicas de Porto Alegre

Abstract

Em dezembro de 2019, a rápida disseminação de uma pneumonia de origem desconhecida chamou a atenção das autoridades de saúde em Wuhan, na China. Mais tarde, em janeiro de 2020, o agente etiológico foi anunciado como sendo um novo vírus pertencente à família dos coronavírus. Em fevereiro de 2020 o Comitê Internacional de Taxonomia dos Vírus nomeia o novo coronavírus como SARS-CoV-2 (do inglês severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 – SARS-CoV-2) e em março de 2020 a Organização Mundial da Saúde (OMS) decreta pandemia por COVID-19, doença causada pelo novo coronavírus. Mesmo mais de dois anos após a declaração de pandemia por COVID-19, e com todos os esforços mundiais em busca do esclarecimento da doença e da contínua tentativa de limitar sua transmissão, a rápida disseminação do vírus tem levado à contínua geração de diferentes sequencias de SARS-CoV-2. Essa evolução genômica dá origem a diversas variantes e novas linhagens que têm características diferentes em comparação com seus ancestrais. Algumas dessas linhagens têm demonstrado mudanças com alto grau de significância para a saúde pública global. As novas linhagens podem apresentar aumento da transmissibilidade ou aumento da virulência e alteração na apresentação clínica da doença. A classificação utilizada cita variantes de preocupação (do inglês “variants of concern” - VOCs) que englobam as variantes alfa (ou B.1.1.7, primeiramente descrita na Inglaterra), beta (ou B1.351, primeiramente descrita na África do Sul), gama (ou P1, primeiramente descrita no Brasil), delta (ou B1.617.2, primeiramente descrita na Índia) e ômicron (ou B.1.1.529, identificada em diversos países em novembro de 2021). Para realizar a caracterização dessas linhagens é recomendado a análise do genoma completo de SARS-CoV-2, utilizando-se de ferramentas moleculares como o sequenciamento de nova geração (NGS, do inglês “new generation sequencing). Apesar das inúmeras vantagens, ainda é uma ferramenta com custo alto para ser utilizada em larga escala e ser absorvida pelo Sistema Único de Saúde (SUS) e sistemas de vigilância epidemiológica do país. Nesse sentido, alternativas devem ser pensadas para que seja possível fazer a identificação das variantes e realizar a vigilância genômica das VOCs. Uma vez que as VOCs apresentam importantes mutações definidoras de linhagem na porção denominada receptor binding domain (RBD) da proteína da spike do SARS-CoV-2, o sequenciamento de Sanger, considerado método de referência para determinação de sequências nucleotídicas, é uma alternativa ao uso do NGS por ser uma metodologia mais acessível, principalmente quando se trata de custo por amostra processada.