Comparação das técnicas de RFLP e de DRE-PCR para a diferenciação de linhagens de Mycobacterium tuberculosis

Abstract

A tuberculose (TB) permanece sendo um dos maiores problemas de saúde pública e, estatísticas recentes sugerem que em muitos países as medidas de controle têm sido pouco eficazes para limitar sua transmissão. A diferenciação de linhagens de Mycobacteirum tuberculosis - o principal agente causador da TB - através de técnicas moleculares, tem se tornado uma ferramenta importante no estudo, controle e prevenção da doença. O método de RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) baseado na variabilidade da seqüência de inserção IS611 O tem sido amplamente utilizado em diversos laboratórios em todo o mundo. O DRE-PCR (Double-Repetitive-Eiement PCR) foi proposto como um método alternativo de tipagem baseado na amplificação de segmentos de DNA localizados entre cópias de IS6110 e PGRS (Polymorphic GC-rich Repetitive Sequence). O objetivo deste estudo foi comparar o RFLP e o DRE-PCR em relação ao seu poder discriminatório através da análise de 96 isolados de M. tuberculosis provenientes de 95 pacientes. A análise por RFLP resultou em 67 padrões de bandas diferentes e 42 isolados foram incluídos em 13 'clusters'. A análise por DRE-PCR resultou em 57 padrões de bandas diferentes e 53 isolados foram incluídos em 14 'clusters'. Dessa forma, o RFLP mostrou um maior poder discriminatório de linhagens de M. tuberculosis. O DRE-PCR parece ser um método mais indicado para a realização de uma triagem inicial das amostras por ser mais simples e rápido, classificando os isolados em grupos maiores e diminuindo o número de isolados que requerem subtipificação por RFLP.

Tuberculosis (TB) remains a major world health problem, and recent statistics suggest that in many countries contrai measures have been ineffective in limiting its spread. Molecular strain differentiation of Mycobacteirum tuberculosis, the main causative agent of TB, has become an important tool for surveillance, control and prevention of the disease. The RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) method based on the variability of insertion sequence IS6110 has been widely used in several laboratories around the world. The DRE-PCR (Double-Repetitive-Eiement PCR) method has been proposed as ari alternative typing method based on the amplification of DNA segments located between IS6110 e PGRS (Polymorphic GC-rich Repetitive Sequence). The aim of this study was to compare RFLP and DRE-PCR with regard to their discriminatory power through the analysis of 96 isolates of M. tuberculosis from 95 patients. RFLP analysis yielded 67 distinct band patterns and 42 isolates were included in 13 clusters. DRE-PCR analysis yielded 57 distinct band patterns and 53 isolates were included in 14 clusters. Thus, RFLP method showed a greater discriminatory power of M. tuberculosis strains. DRE-PCR seemed to be a method more suitable for primary screening of samples because it is more simple and rapid to perform, classifying a large number of isolates into clusters and decreasing the number of isolates needing further subtyping by RFLP.