Expressão gênica diferencial entre rabdomiossarcomas alveolares com e sem translocações de pax-foxo1

Abstract

O rabdomiossarcoma (RMS) é o sarcoma de partes moles mais comum na infância. Está localizado, principalmente, na região de cabeça e pescoço, sendo associado a uma alta taxa de mortalidade e morbidade. Os subtipos histológicos mais comuns são embrionário e alveolar. Algumas alterações moleculares, como as translocações cromossômicas nos genes PAX3- FOXO1 e PAX-7-FOXO1, são importantes para o desenvolvimento do RMS, bem como o diagnóstico diferencial e estabelecimento do prognóstico do RMS. Usualmente os tumores que apresentam tais fusões apresentam pior prognóstico. Nos últimos anos, estudos vêm sendo desenvolvidos com o intuito de encontrar biomarcadores tumorais para que se conheça a biologia desses tumores, bem como o seu processo de carcinogênese, além de possibilitar um tratamento oncológico individualizado para esses pacientes. Uma base de dados pública (ETABM-1202) contendo 64 amostras de RMS foi utilizada. As comparações foram realizadas entre as amostras do tipo alveolar fusão positiva (PAX3/7) e alveolar fusão negativa utilizando o software Transcriptogramer V.1.0. Os clusters de genes diferencialmente expressos comuns entre o PAX3 e PAX7 foram enriquecidos através do GENETRAIL 3.2. As vias diferencialmente expressas foram analisadas no software Viacomplex (V.1.0) e a rede biológica foi gerada a partir do software Cytoscape. Foram identificados os genes relacionados às vias diferencialmente expressas, sendo que na comparação entre alveolar negativo e as fusões positivas de PAX3 e PAX7 observou-se a expressão reduzida da via do MYC e uma expressão aumentada dos genes CDK4 e PLK4. O papel do MYC na etiopatogênese do rabdomiossarcoma ainda não está elucidado, entretanto, as funções do mesmo poderão contribuir para melhor compreender sua biologia tumoral e comportamento. A expressão do MYC, CDK4 e PLK4 no rabdomiossarcoma são potenciais preditores de prognóstico.

Rhabdomyosarcoma (RMS) is the most common soft tissue sarcoma in childhood. It is mainly located in the head and neck region, and is associated with a high rate of mortality and morbidity. The most common histological subtypes are embryonic and alveolar. Some molecular alterations, such as chromosomal translocations in the PAX3-FOXO1 and PAX7- FOXO1 genes, are important for differential diagnosis and prognosis of RMS. Tumors with these fusions usually have a worse prognosis. In recent years, studies have been developed with the aim of finding tumor biomarkers to understand the biology and carcinogenesis of these tumors, as well as to enable individualized oncological treatment for these patients. A public database (E-TABM-1202) containing 64 RMS samples was used. Comparisons were made between alveolar fusion-positive (PAX3/7) and fusion-negative samples using Transcriptogramer V.1.0 software. The differentially expressed gene clusters common to PAX3 and PAX7 were enriched using GENETRAIL 3.2. Differentially expressed pathways were analyzed using Viacomplex (V.1.0) software, and the biological network was generated using Cytoscape software. Genes related to differentially expressed pathways were identified, and in the comparison between alveolar-negative and positive PAX3 and PAX7 fusions, reduced expression of the MYC pathway and increased expression of the CDK4 and PLK4 genes were observed. The role of MYC in the etiopathogenesis of rhabdomyosarcoma is still unclear, but its functions could contribute to a better understanding of its tumor biology and behavior. The expression of MYC, CDK4, and PLK4 in rhabdomyosarcoma are potential predictors of prognosis.